如果公司协议中没有明确约定离职时入股资金的退还方式，根据《中华人民共和国合同法》的相关规定，双方可以首先尝试通过协商达成补充协议。若协商无果，员工可以依据《中华人民共和国民事诉讼法》提起诉讼，要求公司按照公平原则或交易习惯退还入股资金，并可能涉及对公司财务状况的审计以确定具体金额。在此过程中，员工应保留好与公司沟通的记录及入股时的相关凭证，以备诉讼之需。
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若公司老板同意接受股权转让但一直未支付款项，解决方案包括：1.再次书面确认老板的承诺，并设定明确的支付期限；2.若老板仍不履行，可依据《中华人民共和国公司法》的相关规定，通过公司股东会决议或法律途径要求强制执行股权转让协议；3.考虑通过调解、仲裁或诉讼等方式，要求公司或老板支付股权转让款项及可能的违约金。
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从法律角度，确保权益不受损害的关键在于：1.保留所有与公司沟通的记录，包括邮件、短信、通话录音等，作为证据；2.确保股权转让协议明确、完整，包含转让价格、支付方式、时间等关键条款；3.若公司或老板违反协议，及时咨询专业律师，考虑通过法律途径维护自己的合法权益，包括但不限于提起诉讼或申请仲裁。